Sesuai sejarah asal usul Kadun Jaya adalah merupakan kampung adat yang telah ditetapkan dengan berdasarkan Undang-Undang Nomor 45 Tahun 1999 tentang pembentukan Provinsi Irian Jaya Tengah. Kampung Kadun  Jaya berdiri sejak tahun 1994, saat itu Kampung Kadun Jaya masih bergabung dengan Kabupaten Fak-Fak. Pada saat itu Kampung Kadun Jaya yang menjadi pusat administrasi Pemerintahan Kampung Kadun Jaya.

Kampung Kadun Jaya sejak tahun 1994, hingga tahun 2014, mengalami pergantian Kepala kampung sebanyak 4 (empat) kali. Kepala Kampung pertama yaitu Bapak Barthol Kapirapu menjabat sebagai Kepala Kampung Kadun Jaya mulai dari tahun 1999 sampai dengan tahun 2003. Kepala kampung kedua yaitu Bapak Alfons Owokupu menjabat sebagai Kepala Kampung Kadun Jaya mulai tahun 2003 sampai dengan tahun 2007, Kepala Kampung yang ketiga Bapak Daniel Pokniangge tahun 2007 sampai tahun 2013 Kepala Kampung yang keempat Bapak Elias Yawa tahun 2014 sampai sekarang ( 2 periode). Proses pergantian Kepala Kampung dilakukan melalui cara pemilihan langsung oleh masyarakat  berdasarkan peraturan pemerintah yang berlaku.